This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )
About Soaplab
Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.
Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.
Further documentation on Soaplab services is available:
- Soaplab overview
- Soaplab client guide page
- EBI Soaplab server documentation
- Soaplab 2
- Sourceforge site for EMBOSS Soaplab services
Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
Location:
United Kingdom
Submitter/Source:
SoapLab Support (almost 12 years ago)
Base URL:
http://www.ebi.ac.uk:80/soaplab/typed/services/phylogeny_molecular_sequence.fdnamlk
WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/typed/services/phylogeny_molecular_sequence.fdnamlk?wsdl(download last cached WSDL file)
Documentation URL(s): SoapLab Support (almost 11 years ago) http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.0/emboss/apps/fdnamlk.html Login to add a documentation URL Description(s): from provider’s description doc (over 10 years ago) Estimates nucleotide phylogeny by maximum likelihood
SoapLab Support(almost 11 years ago)
Estimates nucleotide phylogeny by maximum likelihood
Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 10 years ago)
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : fdnamlk
- installation : Soaplab2 default installation
- type : Phylogeny Molecular sequence
- output :
- description : Estimates nucleotide phylogeny by maximum likelihood
- version : 6.1.0
- analysis_extension :
- input :
- analysis :
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : fdnamlk
- installation : Soaplab2 default installation
- type : Phylogeny Molecular sequence
- output :
- description : Estimates nucleotide phylogeny by maximum likelihood
- version : 6.1.0
- analysis_extension :
- option :
- name : emboss
- type : normal
- value : true
- name : installation
- type : normal
- value : Soaplab2 default installation
- name : version
- type : normal
- value : 6.1.0
- event :
- action :
- id : _E_1
- app_info :
- category : phylogeny_molecular_sequence
- help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.1/emboss/apps/fdnamlk.html
- parameter :
- data :
- list :
- list_item :
- level : 0
- value : gcg
- level : 0
- value : gcg8
- level : 0
- value : embl
- level : 0
- value : swiss
- level : 0
- value : fasta
- level : 0
- value : ncbi
- level : 0
- value : genbank
- level : 0
- value : nbrf
- level : 0
- value : pir
- level : 0
- value : codata
- level : 0
- value : strider
- level : 0
- value : clustal
- level : 0
- value : phylip
- level : 0
- value : acedb
- level : 0
- value : msf
- level : 0
- value : jackknifer
- level : 0
- value : jackknifernon
- level : 0
- value : nexus
- level : 0
- value : nexusnon
- level : 0
- value : treecon
- level : 0
- value : mega
- level : 0
- value : meganon
- level : 0
- value : ig
- level : 0
- value : staden
- level : 0
- value : text
- level : 0
- value : raw
- type : full
- list_item :
- list :
- base :
- data :
- ioformat : unspecified
- iotype : input
- repeatable :
- base :
- data :
- result :
- iotype : output
- base :
- range :
- format : %d
- max : 9
- min : 1
- repeatable :
- base :
- name : ncategories
- default : 1
- option :
- name : scalemax
- type : style
- value : 9
- name : scalemin
- type : style
- value : 1
- mandatory : false
- qualifier : ncategories
- prompt : Number of substitution rate categories
- type : long
- ordering : 4
- base :
- data :
- ioformat : unspecified
- iotype : input
- repeatable :
- base :
- data :
- ioformat : unspecified
- iotype : input
- repeatable :
- base :
- range :
- format : %f
- min : 0.001
- repeatable :
- base :
- name : ttratio
- default : 2.0
- option :
- name : scalemin
- type : style
- value : 0.001
- mandatory : false
- qualifier : ttratio
- prompt : Transition/transversion ratio
- type : float
- ordering : 10
- base :
- name : freqsfrom
- default : false
- mandatory : false
- qualifier : freqsfrom
- prompt : Use empirical base frequencies from seqeunce input
- type : boolean
- ordering : 11
- base :
- standard :
- list :
- name : Rate variation among sites
- list_item :
- level : 0
- shown_as : Gamma distributed rates
- value : g
- level : 0
- shown_as : Gamma+invariant sites
- value : i
- level : 0
- shown_as : User defined HMM of rates
- value : h
- level : 0
- shown_as : Constant rate
- value : n
- type : full
- repeatable :
- list :
- base :
- range :
- format : %f
- min : 0.001
- repeatable :
- base :
- name : gammacoefficient
- default : 1
- option :
- name : scalemin
- type : style
- value : 0.001
- mandatory : false
- qualifier : gammacoefficient
- prompt : Coefficient of variation of substitution rate among sites
- type : float
- ordering : 14
- range :
- format : %d
- max : 9
- min : 1
- repeatable :
- base :
- name : ngammacat
- default : 1
- option :
- name : scalemax
- type : style
- value : 9
- name : scalemin
- type : style
- value : 1
- mandatory : false
- qualifier : ngammacat
- prompt : Number of categories (1-9)
- type : long
- ordering : 15
- range :
- format : %f
- min : 0.001
- repeatable :
- base :
- name : invarcoefficient
- default : 1
- option :
- name : scalemin
- type : style
- value : 0.001
- mandatory : false
- qualifier : invarcoefficient
- prompt : Coefficient of variation of substitution rate among sites
- type : float
- ordering : 16
- range :
- format : %d
- max : 9
- min : 1
- repeatable :
- base :
- name : ninvarcat
- default : 1
- option :
- name : scalemax
- type : style
- value : 9
- name : scalemin
- type : style
- value : 1
- mandatory : false
- qualifier : ninvarcat
- prompt : Number of categories (1-9) including one for invariant sites
- type : long
- ordering : 17
- range :
- format : %f
- max : 0.9999
- min : 0.0
- repeatable :
- base :
- name : invarfrac
- default : 0.0
- option :
- name : scalemax
- type : style
- value : 0.9999
- name : scalemin
- type : style
- value : 0.0
- mandatory : false
- qualifier : invarfrac
- prompt : Fraction of invariant sites
- type : float
- ordering : 18
- range :
- format : %d
- max : 9
- min : 1
- repeatable :
- base :
- name : nhmmcategories
- default : 1
- option :
- name : scalemax
- type : style
- value : 9
- name : scalemin
- type : style
- value : 1
- mandatory : false
- qualifier : nhmmcategories
- prompt : Number of HMM rate categories
- type : long
- ordering : 19
- base :
- base :
- base :
- name : adjsite
- default : false
- mandatory : false
- qualifier : adjsite
- prompt : Rates at adjacent sites correlated
- type : boolean
- ordering : 22
- range :
- format : %f
- min : 1.0
- repeatable :
- base :
- name : lambda
- default : 1.0
- option :
- name : scalemin
- type : style
- value : 1.0
- mandatory : false
- qualifier : lambda
- prompt : Mean block length of sites having the same rate
- type : float
- ordering : 23
- range :
- format : %d
- min : 0
- repeatable :
- base :
- name : njumble
- default : 0
- mandatory : false
- qualifier : njumble
- prompt : Number of times to randomise
- type : long
- ordering : 24
- range :
- format : %d
- max : 32767
- min : 1
- repeatable :
- base :
- name : seed
- default : 1
- option :
- name : scalemax
- type : style
- value : 32767
- name : scalemin
- type : style
- value : 1
- mandatory : false
- qualifier : seed
- prompt : Random number seed between 1 and 32767 (must be odd)
- type : long
- ordering : 25
- base :
- name : global
- default : false
- mandatory : false
- qualifier : global
- prompt : Global rearrangements
- type : boolean
- ordering : 26
- base :
- name : lengths
- default : false
- mandatory : false
- qualifier : lengths
- prompt : Use branch lengths from user trees
- type : boolean
- ordering : 27
- base :
- name : trout
- default : false
- mandatory : false
- qualifier : trout
- prompt : Write out trees to tree file
- type : boolean
- ordering : 31
- data :
- result :
- extension : treefile
- iotype : output
- base :
- base :
- name : printdata
- default : false
- mandatory : false
- qualifier : printdata
- prompt : Print data at start of run
- type : boolean
- ordering : 33
- base :
- name : progress
- default : false
- mandatory : false
- qualifier : progress
- prompt : Print indications of progress of run
- type : boolean
- ordering : 34
- base :
- name : treeprint
- default : false
- mandatory : false
- qualifier : treeprint
- prompt : Print out tree
- type : boolean
- ordering : 35
- base :
- name : hypstate
- default : false
- mandatory : false
- qualifier : hypstate
- prompt : Reconstruct hypothetical sequence
- type : boolean
- ordering : 36
- data :
- option :
- input :
- name : ncategories
- default : 1
- mandatory : false
- type : long
- name : ttratio
- default : 2.0
- mandatory : false
- type : float
- name : freqsfrom
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : gammacoefficient
- default : 1
- mandatory : false
- type : float
- name : ngammacat
- default : 1
- mandatory : false
- type : long
- name : invarcoefficient
- default : 1
- mandatory : false
- type : float
- name : ninvarcat
- default : 1
- mandatory : false
- type : long
- name : invarfrac
- default : 0.0
- mandatory : false
- type : float
- name : nhmmcategories
- default : 1
- mandatory : false
- type : long
- name : adjsite
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : lambda
- default : 1.0
- mandatory : false
- type : float
- name : njumble
- default : 0
- mandatory : false
- type : long
- name : seed
- default : 1
- mandatory : false
- type : long
- name : global
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : lengths
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : trout
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : printdata
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : progress
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : treeprint
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : hypstate
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- analysis :
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