This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )
About Soaplab
Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.
Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.
Further documentation on Soaplab services is available:
- Soaplab overview
- Soaplab client guide page
- EBI Soaplab server documentation
- Soaplab 2
- Sourceforge site for EMBOSS Soaplab services
Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
Location:
UNITED KINGDOM
Submitter/Source:
Mike Mayer (over 9 years ago)
Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/nucleic_restriction.restover
WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/nucleic_restriction.restover?wsdl(download last cached WSDL file)
Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 8 years ago)
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : restover
- output :
- installation : Soaplab2 default installation
- version : 6.3.0
- type : Nucleic Restriction
- description : Find restriction enzymes producing a specific overhang
- analysis_extension :
- input :
- analysis :
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : restover
- output :
- installation : Soaplab2 default installation
- version : 6.3.0
- type : Nucleic Restriction
- description : Find restriction enzymes producing a specific overhang
- analysis_extension :
- parameter :
- data :
- list :
- list_item :
- level : 0
- value : abi
- level : 0
- value : ace
- level : 0
- value : acedb
- level : 0
- value : bam
- level : 0
- value : biomart
- level : 0
- value : clustal
- level : 0
- value : codata
- level : 0
- value : dbid
- level : 0
- value : embl
- level : 0
- value : ensembl
- level : 0
- value : experiment
- level : 0
- value : fasta
- level : 0
- value : fastq
- level : 0
- value : fastq-illumina
- level : 0
- value : fastq-sanger
- level : 0
- value : fastq-solexa
- level : 0
- value : fitch
- level : 0
- value : gcg
- level : 0
- value : genbank
- level : 0
- value : genpept
- level : 0
- value : gff2
- level : 0
- value : gff3
- level : 0
- value : gifasta
- level : 0
- value : hennig86
- level : 0
- value : ig
- level : 0
- value : igstrict
- level : 0
- value : jackknifer
- level : 0
- value : mase
- level : 0
- value : mega
- level : 0
- value : msf
- level : 0
- value : nbrf
- level : 0
- value : nexus
- level : 0
- value : pdb
- level : 0
- value : pdbnuc
- level : 0
- value : pdbnucseq
- level : 0
- value : pdbseq
- level : 0
- value : pearson
- level : 0
- value : phylip
- level : 0
- value : phylipnon
- level : 0
- value : raw
- level : 0
- value : refseqp
- level : 0
- value : sam
- level : 0
- value : selex
- level : 0
- value : staden
- level : 0
- value : stockholm
- level : 0
- value : strider
- level : 0
- value : swiss
- level : 0
- value : text
- level : 0
- value : treecon
- type : full
- list_item :
- list :
- base :
- standard :
- repeatable :
- base :
- data :
- result :
- iotype : output
- base :
- data :
- ioformat : unspecified
- iotype : input
- repeatable :
- base :
- data :
- ioformat : unspecified
- iotype : input
- repeatable :
- base :
- range :
- format : %d
- max : 1000
- min : 1
- repeatable :
- base :
- name : min
- ordering : 9
- option :
- name : EDAM:0001773
- type : normal
- value : data Tool-specific parameter
- name : scalemax
- type : style
- value : 1000
- name : scalemin
- type : style
- value : 1
- default : 1
- qualifier : min
- mandatory : false
- prompt : Minimum cuts per RE
- type : long
- range :
- format : %d
- min :
- repeatable :
- base :
- name : max
- ordering : 10
- option :
- name : EDAM:0001773
- type : normal
- value : data Tool-specific parameter
- name : calculated_hardmin
- type : normal
- value : ${min}
- default : 2000000000
- qualifier : max
- mandatory : false
- prompt : Maximum cuts per RE
- type : long
- base :
- name : single
- ordering : 11
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : single
- mandatory : false
- prompt : Force single site only cuts
- type : boolean
- base :
- name : threeprime
- ordering : 12
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : threeprime
- mandatory : false
- prompt : Use 3′ overhang e.g. BamHI has CTAG as a 5′ overhang, and ApaI has CCGG as 3′ overhang.
- type : boolean
- base :
- name : blunt
- ordering : 13
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : blunt
- mandatory : false
- prompt : Allow blunt end cutters
- type : boolean
- base :
- name : sticky
- ordering : 14
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : sticky
- mandatory : false
- prompt : Allow sticky end cutters
- type : boolean
- base :
- name : ambiguity
- ordering : 15
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : ambiguity
- mandatory : false
- prompt : Allow ambiguous matches
- type : boolean
- base :
- name : plasmid
- ordering : 16
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : plasmid
- mandatory : false
- prompt : Allow circular DNA
- type : boolean
- base :
- name : methylation
- ordering : 17
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- help : If this is set then RE recognition sites will not match methylated bases.
- default : false
- qualifier : methylation
- mandatory : false
- prompt : Use methylation data
- type : boolean
- base :
- name : commercial
- ordering : 18
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : commercial
- mandatory : false
- prompt : Only enzymes with suppliers
- type : boolean
- base :
- name : html
- ordering : 21
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : html
- mandatory : false
- prompt : Create HTML output
- type : boolean
- base :
- name : limit
- ordering : 22
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : limit
- mandatory : false
- prompt : Limits reports to one isoschizomer
- type : boolean
- base :
- name : alphabetic
- ordering : 23
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : alphabetic
- mandatory : false
- prompt : Sort output alphabetically
- type : boolean
- base :
- name : fragments
- ordering : 24
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : fragments
- mandatory : false
- prompt : Show fragment lengths
- type : boolean
- data :
- option :
- name : EDAM:0000100
- type : normal
- value : topic Nucleic acid restriction
- name : EDAM:0000431
- type : normal
- value : operation Restriction site identification
- name : emboss
- type : normal
- value : true
- name : installation
- type : normal
- value : Soaplab2 default installation
- name : version
- type : normal
- value : 6.3.0
- app_info :
- category : nucleic_restriction
- help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/restover.html
- event :
- action :
- id : _E_1
- parameter :
- input :
- name : min
- default : 1
- mandatory : false
- type : long
- name : max
- default : 2000000000
- mandatory : false
- type : long
- name : single
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : threeprime
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : blunt
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : sticky
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : ambiguity
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : plasmid
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : methylation
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : commercial
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : html
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : limit
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : alphabetic
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : fragments
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- analysis :
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