msbar SOAP Soaplab

This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )

About Soaplab

Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.

Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.

Further documentation on Soaplab services is available:

Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Location:
UNITED KINGDOM

Submitter/Source:
Mike Mayer (over 9 years ago)

Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/protein_mutation.msbar

WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/protein_mutation.msbar?wsdl(download last cached WSDL file)

Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 8 years ago)

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : msbar
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Nucleic Mutation, Protein Mutation
      • description : Mutate a sequence
      • analysis_extension :
      • input :

Show all

  • ds_lsr_analysis :
    • analysis :
      • name : msbar
      • output :
      • installation : Soaplab2 default installation
      • version : 6.3.0
      • type : Nucleic Mutation, Protein Mutation
      • description : Mutate a sequence
      • analysis_extension :
        • parameter :
          • data :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : abi
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                • value : bam
                • level : 0
                • value : biomart
                • level : 0
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                • level : 0
                • value : embl
                • level : 0
                • value : ensembl
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : fastq-sanger
                • level : 0
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                • level : 0
                • value : fitch
                • level : 0
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                • value : hennig86
                • level : 0
                • value : ig
                • level : 0
                • value : igstrict
                • level : 0
                • value : jackknifer
                • level : 0
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                • level : 0
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              • type : full
          • base :
          • range :
            • format : %d
            • min : 0
            • repeatable :
          • base :
            • name : count
            • ordering : 5
            • option :
              • name : EDAM:0001693
              • type : normal
              • value : data Number of iterations
            • default : 1
            • qualifier : count
            • mandatory : false
            • prompt : Number of times to perform the mutation operations
            • type : long
          • choice_list :
            • grouptype : zero_or_more
            • separator : ,
            • base :
              • name : point_0
              • ordering : 7
              • qualifier : 0
              • default : true
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : None
              • name : point_1
              • ordering : 8
              • qualifier : 1
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Any of the following
              • name : point_2
              • ordering : 9
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              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Insertions
              • name : point_3
              • ordering : 10
              • qualifier : 3
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Deletions
              • name : point_4
              • ordering : 11
              • qualifier : 4
              • default : false
              • mandatory : false
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              • prompt : Changes
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              • ordering : 12
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              • mandatory : false
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              • ordering : 13
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              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Moves
          • base :
          • choice_list :
            • grouptype : zero_or_more
            • separator : ,
            • base :
              • name : block_0
              • ordering : 15
              • qualifier : 0
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              • ordering : 19
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              • ordering : 20
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              • name : block_6
              • ordering : 21
              • qualifier : 6
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Moves
          • base :
          • data :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
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                • value : codata
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • value : genpept
                • level : 0
                • value : gff2
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                • value : hennig86
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : msf
                • level : 0
                • value : nbrf
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : pdbseq
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : refseqp
                • level : 0
                • value : sam
                • level : 0
                • value : selex
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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              • type : full
          • base :
          • choice_list :
            • grouptype : zero_or_more
            • separator : ,
            • base :
              • name : codon_0
              • ordering : 23
              • qualifier : 0
              • default : true
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : None
              • name : codon_1
              • ordering : 24
              • qualifier : 1
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Any of the following
              • name : codon_2
              • ordering : 25
              • qualifier : 2
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Insertions
              • name : codon_3
              • ordering : 26
              • qualifier : 3
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Deletions
              • name : codon_4
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              • qualifier : 4
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Changes
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              • ordering : 28
              • qualifier : 5
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Duplications
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              • ordering : 29
              • qualifier : 6
              • default : false
              • mandatory : false
              • type : boolean
              • prompt : Moves
          • base :
          • base :
            • name : inframe
            • ordering : 32
            • option :
              • name : EDAM:0002135
              • type : normal
              • value : data Toggle
            • default : false
            • qualifier : inframe
            • mandatory : false
            • prompt : Do ‘codon’ and ‘block’ operations in frame
            • type : boolean
          • range :
            • format : %d
            • min : 0
            • repeatable :
          • base :
            • name : minimum
            • ordering : 35
            • option :
              • name : EDAM:0001249
              • type : normal
              • value : data Sequence length
            • default : 1
            • qualifier : minimum
            • mandatory : false
            • prompt : Minimum size for a block mutation
            • type : long
          • range :
            • format : %d
            • min :
            • repeatable :
          • base :
            • name : maximum
            • ordering : 36
            • option :
              • name : EDAM:0001249
              • type : normal
              • value : data Sequence length
              • name : calculated_hardmin
              • type : normal
              • value : ${minimum}
            • default : 10
            • qualifier : maximum
            • mandatory : false
            • prompt : Maximum size for a block mutation
            • type : long
          • data :
            • result :
            • iotype : output
          • base :
          • standard :
            • list :
              • list_item :
                • level : 0
                • value : acedb
                • level : 0
                • value : asn1
                • level : 0
                • value : bam
                • level : 0
                • value : clustal
                • level : 0
                • value : codata
                • level : 0
                • value : das
                • level : 0
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                • value : experiment
                • level : 0
                • value : fasta
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : hennig86
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                • value : ig
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : pir
                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
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                • level : 0
                • value : text
                • level : 0
                • value : treecon
              • type : full
            • repeatable :
          • base :
        • option :
          • name : EDAM:0000156
          • type : normal
          • value : topic Sequence editing
          • name : EDAM:0000367
          • type : normal
          • value : operation Sequence mutation and randomization
          • name : emboss
          • type : normal
          • value : true
          • name : installation
          • type : normal
          • value : Soaplab2 default installation
          • name : version
          • type : normal
          • value : 6.3.0
        • app_info :
          • category : nucleic_mutation
          • help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/msbar.html
        • event :
          • action :
          • id : _E_1
      • input :
        • name : count
        • default : 1
        • mandatory : false
        • type : long
        • name : point_0
        • default : true
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : point_1
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : point_2
        • default : false
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        • type : boolean
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        • default : false
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        • default : false
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        • default : true
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        • default : false
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        • type : boolean
        • name : block_2
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        • name : block_3
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        • name : block_5
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        • name : codon_6
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        • name : inframe
        • default : false
        • mandatory : false
        • type : boolean
        • name : minimum
        • default : 1
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        • type : long
        • name : maximum
        • default : 10
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        • type : long

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