This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )
About Soaplab
Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.
Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.
Further documentation on Soaplab services is available:
- Soaplab overview
- Soaplab client guide page
- EBI Soaplab server documentation
- Soaplab 2
- Sourceforge site for EMBOSS Soaplab services
Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
Location:
UNITED KINGDOM
Submitter/Source:
Mike Mayer (over 9 years ago)
Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/alignment_local.wordfinder
WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/alignment_local.wordfinder?wsdl(download last cached WSDL file)
Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 8 years ago)
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : wordfinder
- output :
- installation : Soaplab2 default installation
- version : 6.3.0
- type : Alignment Local
- description : Match large sequences against one or more other sequences
- analysis_extension :
- input :
- analysis :
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : wordfinder
- output :
- installation : Soaplab2 default installation
- version : 6.3.0
- type : Alignment Local
- description : Match large sequences against one or more other sequences
- analysis_extension :
- parameter :
- data :
- list :
- list_item :
- level : 0
- value : abi
- level : 0
- value : ace
- level : 0
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- level : 0
- value : bam
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- level : 0
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- list_item :
- list :
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- value : abi
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- value : ace
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- value : acedb
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- value : bam
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- value : embl
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- value : ensembl
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- value : experiment
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- list_item :
- list :
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- range :
- format : %f
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- min : 0.0
- repeatable :
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- name : gapopen
- ordering : 7
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- name : EDAM:0001397
- type : normal
- value : data Gap opening penalty
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- type : normal
- value : ${acdprotein}? 30.0 : 30.0
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- type : style
- value : 1000.0
- name : scalemin
- type : style
- value : 0.0
- qualifier : gapopen
- mandatory : false
- prompt : Gap opening penalty
- type : float
- range :
- format : %f
- max : 10.0
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- base :
- name : gapextend
- ordering : 8
- option :
- name : EDAM:0001398
- type : normal
- value : data Gap extension penalty
- name : calculated_default
- type : normal
- value : ${acdprotein}? 1.5 : 1.5
- name : scalemax
- type : style
- value : 10.0
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- type : style
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- qualifier : gapextend
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- prompt : Gap extension penalty
- type : float
- data :
- result :
- iotype : output
- base :
- data :
- ioformat : unspecified
- iotype : input
- repeatable :
- base :
- range :
- format : %d
- min : 1
- repeatable :
- base :
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- ordering : 10
- option :
- name : EDAM:0002136
- type : normal
- value : data Sequence width
- name : scalemin
- type : style
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- prompt : Alignment width
- type : long
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- format : %d
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- base :
- name : wordlen
- ordering : 11
- option :
- name : EDAM:0001250
- type : normal
- value : data Word size
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- type : style
- value : 3
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- qualifier : wordlen
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- prompt : Word length for initial matching
- type : long
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- format : %d
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- repeatable :
- base :
- name : limitmatch
- ordering : 12
- option :
- name : EDAM:0001401
- type : normal
- value : data Match reward score
- default : 0
- qualifier : limitmatch
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- prompt : Maximum match score (zero for no limit)
- type : long
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- format : %d
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- repeatable :
- base :
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- ordering : 13
- option :
- name : EDAM:0002136
- type : normal
- value : data Sequence width
- default : 0
- qualifier : limitalign
- mandatory : false
- prompt : Maximum alignment length (zero for no limit)
- type : long
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- format : %d
- min : 0
- repeatable :
- base :
- name : lowmatch
- ordering : 14
- option :
- name : EDAM:0001401
- type : normal
- value : data Match reward score
- default : 0
- qualifier : lowmatch
- mandatory : false
- prompt : Minimum match score (zero for no limit)
- type : long
- range :
- format : %d
- min : 0
- repeatable :
- base :
- name : lowalign
- ordering : 15
- option :
- name : EDAM:0002136
- type : normal
- value : data Sequence width
- default : 0
- qualifier : lowalign
- mandatory : false
- prompt : Minimum alignment length (zero for no limit)
- type : long
- data :
- result :
- iotype : output
- base :
- data :
- option :
- name : EDAM:0000159
- type : normal
- value : topic Sequence comparison
- name : EDAM:0000288
- type : normal
- value : operation Sequence word comparison
- name : EDAM:0000493
- type : normal
- value : operation Local pairwise sequence alignment
- name : emboss
- type : normal
- value : true
- name : installation
- type : normal
- value : Soaplab2 default installation
- name : version
- type : normal
- value : 6.3.0
- app_info :
- category : alignment_local
- help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/wordfinder.html
- event :
- action :
- id : _E_1
- parameter :
- input :
- name : width
- default : 16
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- type : long
- name : wordlen
- default : 6
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- type : long
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- type : long
- name : limitalign
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- type : long
- name : lowmatch
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- mandatory : false
- type : long
- name : lowalign
- default : 0
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- type : long
- analysis :
License(s): No info yet Login to add license info Cost: No info yet Login to add cost info Usage conditions: No info yet Login to add usage conditions info Contact info: No info yet Login to add contact info How to cite this service: No info yet Login to add how to cite info Publications about this service: for this service (this can be in a common citation format like Bibtex, MLA or APA, a DOI, a URL, etc.) No info yet Login to add publications info Citations of this service: No info yet Login to add citations info Example workflows using this service: See all workflows on myExperiment that use this service Login to add workflows info