This looks like a Soaplab service. Click here for more info and guidance on how to use this service )
About Soaplab
Soaplab services are command line applications, wrapped as SOAP services, and served from a Soaplab server. All Soaplab services have the same generic set of SOAP operations (depending on the Soaplab version) as they all share a standardised interface.
Certain tools, like the Taverna workflow workbench, provide automatic support for the Soaplab way of executing these services. In some cases you will need to use the Soaplab Server Base URL rather than the WSDL location in these tools.
More information on Soaplab clients is available here.
Further documentation on Soaplab services is available:
- Soaplab overview
- Soaplab client guide page
- EBI Soaplab server documentation
- Soaplab 2
- Sourceforge site for EMBOSS Soaplab services
Provider:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
Location:
UNITED KINGDOM
Submitter/Source:
Mike Mayer (over 9 years ago)
Base URL:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/alignment_multiple.edialign
WSDL Location:
http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services/alignment_multiple.edialign?wsdl(download last cached WSDL file)
Documentation URL(s): None Login to add a documentation URL Description(s): No description(s) yet Login to add a description ELIXIR Description(s): No info yet Login to add an elixir description Details (from Soaplab server): from Soaplab server(over 8 years ago)
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : edialign
- output :
- installation : Soaplab2 default installation
- version : 6.3.0
- type : Alignment Multiple
- description : Local multiple alignment of sequences
- analysis_extension :
- input :
- analysis :
- ds_lsr_analysis :
- analysis :
- name : edialign
- output :
- installation : Soaplab2 default installation
- version : 6.3.0
- type : Alignment Multiple
- description : Local multiple alignment of sequences
- analysis_extension :
- parameter :
- data :
- list :
- list_item :
- level : 0
- value : abi
- level : 0
- value : ace
- level : 0
- value : acedb
- level : 0
- value : bam
- level : 0
- value : biomart
- level : 0
- value : clustal
- level : 0
- value : codata
- level : 0
- value : dbid
- level : 0
- value : embl
- level : 0
- value : ensembl
- level : 0
- value : experiment
- level : 0
- value : fasta
- level : 0
- value : fastq
- level : 0
- value : fastq-illumina
- level : 0
- value : fastq-sanger
- level : 0
- value : fastq-solexa
- level : 0
- value : fitch
- level : 0
- value : gcg
- level : 0
- value : genbank
- level : 0
- value : genpept
- level : 0
- value : gff2
- level : 0
- value : gff3
- level : 0
- value : gifasta
- level : 0
- value : hennig86
- level : 0
- value : ig
- level : 0
- value : igstrict
- level : 0
- value : jackknifer
- level : 0
- value : mase
- level : 0
- value : mega
- level : 0
- value : msf
- level : 0
- value : nbrf
- level : 0
- value : nexus
- level : 0
- value : pdb
- level : 0
- value : pdbnuc
- level : 0
- value : pdbnucseq
- level : 0
- value : pdbseq
- level : 0
- value : pearson
- level : 0
- value : phylip
- level : 0
- value : phylipnon
- level : 0
- value : raw
- level : 0
- value : refseqp
- level : 0
- value : sam
- level : 0
- value : selex
- level : 0
- value : staden
- level : 0
- value : stockholm
- level : 0
- value : strider
- level : 0
- value : swiss
- level : 0
- value : text
- level : 0
- value : treecon
- type : full
- list_item :
- list :
- base :
- data :
- result :
- iotype : output
- base :
- choice_list :
- grouptype : zero_or_more
- separator : ,
- base :
- name : nucmode_n
- ordering : 5
- qualifier : n
- default : true
- mandatory : false
- type : boolean
- prompt : simple
- name : nucmode_nt
- ordering : 6
- qualifier : nt
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- prompt : translation
- name : nucmode_ma
- ordering : 7
- qualifier : ma
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- prompt : mixed alignments
- base :
- base :
- name : revcomp
- ordering : 8
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : revcomp
- mandatory : false
- prompt : Also consider the reverse complement
- type : boolean
- choice_list :
- grouptype : zero_or_more
- separator : ,
- base :
- name : overlapw_default__when_Nseq____35_
- ordering : 10
- qualifier : default (when Nseq =< 35)
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : overlapw_yes
- ordering : 11
- qualifier : yes
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : overlapw_no
- ordering : 12
- qualifier : no
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- base :
- choice_list :
- grouptype : zero_or_more
- separator : ,
- base :
- name : linkage_UPGMA
- ordering : 14
- qualifier : UPGMA
- default : true
- mandatory : false
- type : boolean
- prompt : UPGMA
- name : linkage_max
- ordering : 15
- qualifier : max
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- prompt : maximum linkage
- name : linkage_min
- ordering : 16
- qualifier : min
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- prompt : minimum linkage
- base :
- range :
- format : %d
- min : 0
- repeatable :
- base :
- name : maxfragl
- ordering : 17
- option :
- name : EDAM:0001249
- type : normal
- value : data Sequence length
- default : 40
- qualifier : maxfragl
- mandatory : false
- prompt : Maximum fragment length
- type : long
- base :
- name : fragmat
- ordering : 18
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : fragmat
- mandatory : false
- prompt : Consider only N-fragment pairs that start with two matches
- type : boolean
- range :
- format : %d
- min : 0
- repeatable :
- base :
- name : fragsim
- ordering : 19
- option :
- name : EDAM:0001773
- type : normal
- value : data Tool-specific parameter
- default : 4
- qualifier : fragsim
- mandatory : false
- prompt : Consider only P-fragment pairs if first amino acid or codon pair has similarity score of at least n
- type : long
- base :
- name : itscore
- ordering : 20
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : itscore
- mandatory : false
- prompt : Use iterative score
- type : boolean
- range :
- format : %f
- min : 0.0
- repeatable :
- base :
- name : threshold
- ordering : 21
- option :
- name : EDAM:0002146
- type : normal
- value : data Threshold
- name : scalemin
- type : style
- value : 0.0
- default : 0.0
- qualifier : threshold
- mandatory : false
- prompt : Threshold for considering diagonal for alignment
- type : float
- base :
- name : mask
- ordering : 24
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : mask
- mandatory : false
- prompt : Replace unaligned characters by stars ‘*’ rather then putting them in lowercase
- type : boolean
- base :
- name : dostars
- ordering : 25
- option :
- name : EDAM:0002135
- type : normal
- value : data Toggle
- default : false
- qualifier : dostars
- mandatory : false
- prompt : Activate writing of stars instead of numbers
- type : boolean
- range :
- format : %d
- min : 0
- repeatable :
- base :
- name : starnum
- ordering : 26
- option :
- name : EDAM:0001773
- type : normal
- value : data Tool-specific parameter
- default : 4
- qualifier : starnum
- mandatory : false
- prompt : Put up to n stars ‘*’ instead of digits 0-9 to indicate level of conservation
- type : long
- data :
- result :
- iotype : output
- base :
- standard :
- list :
- list_item :
- level : 0
- value : acedb
- level : 0
- value : asn1
- level : 0
- value : bam
- level : 0
- value : clustal
- level : 0
- value : codata
- level : 0
- value : das
- level : 0
- value : dasdna
- level : 0
- value : embl
- level : 0
- value : experiment
- level : 0
- value : fasta
- level : 0
- value : fastq-illumina
- level : 0
- value : fastq-sanger
- level : 0
- value : fastq-solexa
- level : 0
- value : fitch
- level : 0
- value : gcg
- level : 0
- value : genbank
- level : 0
- value : genpept
- level : 0
- value : gff2
- level : 0
- value : gff3
- level : 0
- value : gifasta
- level : 0
- value : hennig86
- level : 0
- value : ig
- level : 0
- value : jackknifer
- level : 0
- value : jackknifernon
- level : 0
- value : mase
- level : 0
- value : mega
- level : 0
- value : meganon
- level : 0
- value : msf
- level : 0
- value : nbrf
- level : 0
- value : ncbi
- level : 0
- value : nexus
- level : 0
- value : nexusnon
- level : 0
- value : phylip
- level : 0
- value : phylipnon
- level : 0
- value : pir
- level : 0
- value : raw
- level : 0
- value : refseq
- level : 0
- value : refseqp
- level : 0
- value : sam
- level : 0
- value : selex
- level : 0
- value : staden
- level : 0
- value : strider
- level : 0
- value : swiss
- level : 0
- value : text
- level : 0
- value : treecon
- type : full
- list_item :
- repeatable :
- list :
- base :
- data :
- option :
- name : EDAM:0000186
- type : normal
- value : topic Multiple sequence alignment
- name : EDAM:0000495
- type : normal
- value : operation Local multiple sequence alignment
- name : emboss
- type : normal
- value : true
- name : installation
- type : normal
- value : Soaplab2 default installation
- name : version
- type : normal
- value : 6.3.0
- app_info :
- category : alignment_multiple
- help_url : http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.3/emboss/apps/edialign.html
- event :
- action :
- id : _E_1
- parameter :
- input :
- name : nucmode_n
- default : true
- mandatory : false
- type : boolean
- name : nucmode_nt
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : nucmode_ma
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : revcomp
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : overlapw_default__when_Nseq____35_
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : overlapw_yes
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : overlapw_no
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : linkage_UPGMA
- default : true
- mandatory : false
- type : boolean
- name : linkage_max
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : linkage_min
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : maxfragl
- default : 40
- mandatory : false
- type : long
- name : fragmat
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : fragsim
- default : 4
- mandatory : false
- type : long
- name : itscore
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : threshold
- default : 0.0
- mandatory : false
- type : float
- name : mask
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : dostars
- default : false
- mandatory : false
- type : boolean
- name : starnum
- default : 4
- mandatory : false
- type : long
- analysis :
License(s): No info yet Login to add license info Cost: No info yet Login to add cost info Usage conditions: No info yet Login to add usage conditions info Contact info: No info yet Login to add contact info How to cite this service: No info yet Login to add how to cite info Publications about this service: for this service (this can be in a common citation format like Bibtex, MLA or APA, a DOI, a URL, etc.) No info yet Login to add publications info Citations of this service: No info yet Login to add citations info Example workflows using this service: See all workflows on myExperiment that use this service Login to add workflows info